簡易介紹：

Cytoscape是一款網路分析的工具，以視覺化和社會網路（social network）進行分析，其中更以可以安裝許多插件而廣受歡迎。Cytoscape 使用起來並不難，其甚至支持各種文件格式、數據庫的連接以及在社會網路中進行搜索。

一、資料準備

Cytoscape中最基本的資料讀取條件是含有兩欄的表格，且第一欄中的資料結構與第二欄的資料相對應，則稱為「邊列表」。Cytoscape可同時讀取具有欄（column）與列（row）的表格式資料集，如Excel活頁簿檔案格式（.xlsx檔）或制表符分隔值格式檔案（.csv）的文件。本文以Cytoscape於GitHub 所提供之邊列表資料為例進行說明。如圖一所示，此邊列表包含兩種內容：演員（actors）和電影（films）。

圖一 Cytoscape於GitHub所提供之邊列表資料

二、下載軟體與檔案匯入

Cytoscape在下載和安裝 上沒有特別需要注意的事項，且不需要註冊帳號及密碼就可以使用。

下載和安裝完Cytoscape後，開啟Cytoscape會看到初始介面（圖二），可以透過紅色方框1開啟資料夾的方式將文件匯入，或是紅色方框2直接用拖拉的方式將檔案匯入。

圖二 Cytoscape初始介面

三、設定網路圖節點間的關係

首先，隨意指定表格內要哪一欄位為來源（sources）和目標（targets），因為在設定前，Cytoscape不會知道哪一欄將成為來源或目標，因此要先將表格分類，以利於陳述網路節點間的關係。

接下來如圖三所示，點擊紅色方框1演員欄旁的黑色向下箭頭，接著從畫面中選取紅色方框2標示的綠色圓圈，即代表來源。

圖三 設定演員欄中網路圖節點間的關係

設定目標的步驟與來源相同，只需將綠色圓圈改選為圖四紅色方框1標示的紅色靶心即可，按下圖四紅色方框2的OK鍵，即完成設定。

圖四 設定電影欄中網路圖節點間的關係

四、社會網路圖

完成上述步驟後，介面上會顯示網路節點圖，此節點圖代表資料數據構成了實體的網路，使用者可以透過放大鏡放大網路節點（圖五）。

圖五 使用放大鏡看網路節點圖

http://aipro3.nkust.org/media/Cytoscape5.png

回到起始頁面，點擊樣式（style），使用者可以選擇想要的款式而改變網路節點的外觀（圖六）。另外，點擊左上方佈置（layout），則可以讓網路節點更清晰的顯示（圖七）。最後，使用者也可以根據自己的喜好自定網路節點樣式，包含邊框、顏色和高度等。

圖六 改變網路圖的外觀

圖七 使網路圖更加清晰

如圖八所示，點擊佈置（layout），會看到畫面底部出現三個選項，分別為紅色方框1中的自定義節點（node）、邊緣（edge）和網路的外觀（network）。當使用者選擇自定義節點時，則會看到紅色方框2 顯示Def.、Map.和Byp.。

Def.代表default，節點的默認視覺效果。點擊想要填滿的顏色，使用者將看到網路節點圖背景套用上更換的顏色；Map.代表映射，根據節點間的關係而顯現節點的視覺特徵。例如突出顯示使用者想特別強調的節點；Byp.代表bypass，可以特別選擇將某一節點更改樣式，而不是更改全部的節點。

圖八 自定義網路節點樣式

總結：

Cytoscape作為一款視覺化和社會網路分析的工具，不需要任何程式語言基礎即可操作，其能夠將不同屬性的資料合成視覺化社會網路，並以簡單明瞭的圖像方式來表示資料之間的關係，對於日後資料分析而言，大數據實現資料視覺化將是一大趨勢。