東京大學的數位人文學科的跨領域教學主要提供全校研究生申請，主要的課程學習有分成三個部份，核心科目、基礎科目以及相關科目。核心科目包括兩門必修課，「人文與信息學概論(I)」和「數位人文概論」，「人文與信息學概論(I)」主要以課堂講授和實踐培訓為中心，學習人文與信息學的基本思想以及如何學習實際所需的技術；「數位人文概論」這門課主要是由客座講師進行有關於人文和信息學前沿研究的綜合式講座。另外還有三門選修核心科目﹕「人文與信息學概論（II）」、「人文和信息學」、「社會信息學研究方法及」。

基礎科目則涵蓋三大能力的訓練，第一種是歸檔的能力，可修習的課程包括﹕「圖書館資訊研究方法論」、「媒體資訊構造論」、「文化・人類信息學專題講座」、「文獻文化理論」；第二種是分析能力，可修習的課程包括﹕「文化與人類信息學基礎II」、「聲學注音學（1）」、「聲學注音學(2)」、「語言研究資訊處理」；第三種是演示能力，可修習的課程包括﹕「人文與信息學研究（I）」、「人文與信息學研究（二）」、「人文與信息學專題研究（一）」、「人文與信息學專題研究（二）」，主要透過這些基礎科目來學習跨學科的理論和方法。

相關主題科目可修習的課程包括﹕「信息媒體理論（一）﹕互聯網基礎」與「信息媒體理論（二）：網絡應用」，這兩門課程主要會教授媒體素養、知識產權、版權、採購、媒體內容產業、互聯網技術和網絡技術的相關概念，學生們可以經由這兩門相關科目強化有關數位人文的資訊社會基礎建設的知識。

學生必須要完成12學分或以上，包括4門必修課和選修課，才可以領取結業証書，有興趣者請至東京大學官網查詢相關修課資訊。